آقا سید یوسف موسوی در سال ۱۹۰۲ میلادی برابر با ۱۳۲۲ هجری قمری در منطقه بدگام ایالت کشمیر هند چشم به جهان گشود. نسب ایشان با ۳۷ واسطه به امام هفتم حضرت موسی کاظم(ع) و با ۱۴ واسطه به میر شمس‌الدین محمد عراقی می‌رسد.
تحصیلات ابتدایی را نزد پدر خود فرا گرفت و پس از درگذشت پدر در سال ۱۳۵۳ هجری قمری برای فراگیری علوم عالیه رهسپار نجف اشرف شد. در آنجا از محضر استادان بزرگی همچون آیت‌الله سید ابوالحسن اصفهانی، آیت‌الله ضیاءالدین عراقی، آیت‌الله شیخ محمد اصفهانی، آیت‌الله میر ابوالحسن مشکینی، آیت‌الله سید محسن حکیم، آیت‌الله جمال موسوی گلپایگانی و دیگر بزرگان کسب فیض نمود. استادان وی همگی به استعداد و شایستگی‌های آقا سید یوسف اذعان داشتند. پس از چند سال تحصیل و فراگیری علوم دینی، دوباره به کشمیر بازگشت و بعد از درگذشت برادر خود سید احمد در سال ۱۳۶۴ هجری قمری به عنوان مرجع شیعیان شناخته شد.
همگان به علم، تقوا، دیانت، بزرگواری، حسن تدبیر و حلم و بردباری او اعتراف داشتند. احترام ایشان نه تنها در میان مردم بلکه نزد بزرگان منطقه، وزیران و عالمان نیز بسیار چشمگیر بود. علمایی همچون آیت‌الله سید محسن حکیم، آیت‌الله سید ابوالحسن اصفهانی، آیت‌الله سید محمود شاهرودی، آیت‌الله سید ابراهیم حسینی، آیت‌الله سید حسین طباطبایی بروجردی، آیت‌الله سید جمال‌الدین گلپایگانی، آیت‌الله آقا بزرگ تهرانی و آیت‌الله سید محسن جلالی او را عالمی بزرگ، پرهیزگار و عامل به علم می‌دانستند.
آقا سید یوسف همواره مدافع مظلومان و شیعیان بود و هرجا لازم می‌شد برای دفاع از حقوق آنان برمی‌خاست. به همین منظور برای بهبود اوضاع شیعیان، «انجمن شرعی شیعیان جامو و کشمیر» را بنیان نهاد که تحت نظر ایشان در عرصه تبلیغ و گسترش مذهب تشیع فعالیت می‌کرد. در ۱۷ ربیع‌الاول سال ۱۳۷۰ هجری قمری مدرسه «باب‌العلم» را تأسیس کرد تا علاقه‌مندان بتوانند علوم دینی را فراگیرند. همان سال دروس دینی در این مدرسه آغاز شد و به‌تدریج شعبه‌های دیگر باب‌العلم در سراسر ایالت جامو و کشمیر تأسیس گردید تا هیچ‌کس از معارف دینی محروم نماند. ایشان زمین‌های بسیاری به ارزش صدها هزار روپیه برای پیشرفت مدارس دینی وقف نمود.
علاوه بر این، در بخش استعدادهای شرقی دانشگاه کشمیر، برنامه درسی «امامیه» را برای دانشجویان شیعه به تصویب رساند. در مناطق شهری و روستایی نیز علاوه بر ساخت مدارس، زیر نظر انجمن شرعی به بازسازی و احداث حسینیه‌ها و مساجد همت گماشت؛ از جمله: بازسازی حسینیه بدگام و حسن‌آباد، ساخت حسینیه میرگند، مسجد جامع بدگام و خانقاه جدیبل و بناهای وقفی در جدیبل و بدگام.
امروز نیز مؤسسات و مراکز زیادی به نام ایشان فعال هستند؛ از جمله «مؤسسه یادبود آیت‌الله یوسف»، «حسینیه مرکزی آیت‌الله یوسف» و «مؤسسه یادبود آیت‌الله یوسف بخش بدگام».
ایشان در منزل خود به حل و فصل اختلافات مردم می‌پرداخت و بر اساس قوانین شرع میان آنان قضاوت می‌کرد. نه تنها شیعیان بلکه اهل سنت و حتی غیرمسلمانان نیز به رأی و حکم وی احترام می‌گذاشتند و آن را می‌پذیرفتند. در مسائل پیچیده‌ای که حتی قضات دادگاه‌های دولتی درمانده می‌شدند، به ایشان رجوع می‌کردند. آقا سید یوسف هیچ‌گاه از دولت بودجه‌ای دریافت نکرد و وارد فعالیت‌های حکومتی و سیاسی نشد، اما با وجود این بسیاری از شخصیت‌های سیاسی و دولتی او را مورد تکریم قرار می‌دادند. وزیران اعلی سابق کشمیر مانند بخشی غلام محمد، خواجه غلام محمد صادق، سید میر قاسم و شیخ عبدالله اغلب به دیدار ایشان می‌آمدند.
با وجود اشتغالات فراوان، دست از تألیف برنداشت. از آثار مکتوب او می‌توان به «ایقاظ العباد»، «وسیلة‌النجاة» و «سرمایه نجات» اشاره کرد. همچنین مجله‌ای ماهانه به نام «الارشاد» را پایه‌گذاری کرد که مقالات ایشان و دیگر علمای عرب و عجم در آن منتشر می‌شد، اما پس از رحلت ایشان انتشار آن متوقف گردید. افزون بر این، انتشاراتی را نیز زیر نظر انجمن شرعی بنیان گذاشت که کتاب‌های فراوانی در آن به چاپ رسید؛ از جمله ترجمه «اللمعة الدمشقیة».
بسیاری از نویسندگان و روزنامه‌نگاران تحت تأثیر خدمات ایشان قرار گرفتند و در جراید و مطبوعات درباره شخصیت وی نوشتند. غلام رسول رینزو، وزیر داخله وقت، شخصاً دو هزار روپیه به انجمن پرداخت تا در مورد شخصیت و زندگی ایشان مطالبی منتشر شود.
این عالم بزرگوار در اواخر عمر به بیماری دچار شد. وزیر اعلی، شیخ محمد عبدالله، پزشک مخصوص خود دکتر خلیل‌الله را همراه با فرزندش فاروق عبدالله و دیگر پزشکان از دهلی برای درمان ایشان به کشمیر فرستاد. اما این خورشید علم و تقوا در شب دوشنبه، ۱۰ ذی‌القعده ۱۴۰۲ هجری قمری برابر با ۱۳ اوت ۱۹۸۲ میلادی، دعوت حق را لبیک گفت و دار فانی را وداع نمود.
با انتشار خبر رحلت ایشان، مردم از سراسر کشمیر به سوی بدگام روانه شدند. چهره‌ها غمبار و دیده‌ها اشکبار بود و فضای کشمیر یکسره در سوگ و ماتم فرو رفت. صبح ساعت ۹ تابوت ایشان از منزل خارج شد و ناله و گریه سراسر منطقه را فرا گرفت. جنازه تا ساعت ۱۲ در حسینیه بدگام بود و سپس در میدان کریوه بدگام، نماز میت به امامت سید مصطفی موسوی بر ایشان اقامه گردید و در کنار جد بزرگوارشان در قبرستان خانوادگی به خاک سپرده شد.
از سوی دولت یک روز عزای عمومی اعلام شد، اما مردم بدگام سه روز عزادار بودند و ادارات و بازارها تعطیل گردید. نخست‌وزیر هند، خانم ایندرا گاندی، همراه با جی.کِی. نهرو، فرماندار وقت، برای عرض تسلیت به خانه آقا سید یوسف رفت. در روز سوم، مجلس ختمی در حسینیه بدگام برگزار شد که در آن علما، دانشمندان، سیاستمداران و انبوهی از مردم شرکت کردند. نماینده امام خمینی(ره)، آیت‌الله سید محمد جعفریان، نیز در این مراسم حضور داشت.
